书院指导学生读书，还有一个重要措施就是考课。一般来讲，明代书院重视讲学与生徒的自学，而不太重视考课。部分书院也对生徒进行考课，如大科书院规定每月初二、初六两天考课生徒，但对生徒的答卷只批点可否，而不评定高下，让生徒领会本人用功的勤惰和用心的精粗，以便自我努力。大科书院的考课方法表明，书院比较重视生徒进德修业的程度，这是书院与地方儒学的差别之一。但是，万历末年后，很多书院鼓励生徒参加科举考试，也逐步重视考课。万历末年，进行月考、岁考的书院已很普遍，书院已逐步失去了自学的特点，日益趋同于官学了。
另外，明代以会讲为主的书院，平时没有固定生徒，只是到了讲会日期，学者从各地汇集而来，听主讲人讲说。因此这类书院一般没有固定教材，每次讲会由主讲标出“话头”，然后就“话头”开讲，形式较为活泼，歌诗悬钟，气氛热烈，师生融洽。据《明儒学案》载：王守仁讲学时，“四方从学者众，每晨班坐，次第请疑，问至即答，无不圆中”。对众多学者既耐心指教，又启发诱导。王、湛学派的书院盛行讲会，《明儒学案》、《王文成公年谱》对此多有记载。每遇讲会，四方聚集者经常数百上千，声势可谓壮观。李遂建讲舍于衢麓，“与天真远近相应，往来讲会不辍”，每次讲会前，都要“陈礼仪、悬钟磬，歌诗侑食”。这一做法倡导于王守仁，代表了书院自由讲学的精神。