王喆殁后，7个弟子分散在秦冀鲁豫等地传教，以掌教者马钰活动的关陕一带为中心。由于他们那时还未与金朝统治者结上关系，金廷恐怕百姓利用宗教“作乱”，一度禁止宗教活动，并将道士遣送还乡，马钰也被从关中赶回山东老家。
第二阶段为发展期，约从大定二十七年（1187年）至宣宗兴定二年（1219年）。这一时期刘处玄、丘处机先后掌教，以山东半岛为活动中心，力争得到金朝统治者的承认与扶植，进而建立稳固的宗教活动基地。适逢世宗皇帝因淫欲过度而身体羸弱，需要讲求保养之术，于是王喆的弟子王处一得以被召至京，世宗亲自询问养生之道。接着又召丘处机进京，命他在万宁宫之西搭庵居住，以便时时垂询，又让他主持万春节醮事。隔了不久，世宗再召王处一，但当王处一抵京时，世宗已魂归道山。继任者章宗命王处一为世宗设醮祈冥福。皇帝一再召见全真道士，使全真道声誉大噪，吸收了许多信徒。章宗登位伊始，见全真道迅速发展，恐怕聚众生事，不利于朝廷，为防患于未然，于明昌元年（1190年）十一月，“以惑众乱民，禁罢全真及五行毗卢”。明昌二年（1191年）又“禁以太一混元受箓私建庵室者”[58]。其实，章宗此举完全是多虑，全真道维护金朝统治是其宗旨，不可能利用宗教活动反对金朝，相反，在缓和社会矛盾、阶级矛盾方面，全真道有不可替代的作用，金朝有识之士早就看出了这一点，因此纷纷向章宗上奏，请求解除禁令，章宗马上准奏，收回了成命。此后，全真道再未遭到过禁止。承安年间，金朝与蒙古战事正殷，因财政拮据，曾出售观额、度牒、大师号、紫衣以渡难关，全真道乘机购买了不少度牒。章宗还两次召见王处一，让他参加在亳州（河南鹿邑）太清官为祈嗣而举行的“普天大醮”；丘处机也曾应山东地方官之邀，招降杨安儿、耿京领导的起义军，但未奏效。